====== BioPortal - Ontology Metrics ======

[[http://bioportal.bioontology.org/|BioPortal]] to największe repozytorium ontologii tworzonych na potrzeby biomedycyny. Portal został stworzony przez [[http://www.bioontology.org/|The National Center for Biomedical Ontology]] w 2005 roku i na dzień dzisiejszy zawiera 419 ontologii opisujących 5,956,213 klas.

Dla każdej z umieszczonych na portalu ontologii wyliczane są metryki szczegółowo opisane [[http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Ontology_Metrics#Ontology_Metrics_in_BioPortal|tutaj]]. Wyliczone metryki są następnie przechowywane w metadanych ontologii.

===== Dostępne metryki =====

Metryki podzielone są na dwie grupy:

  - Statistical metrics //[Podstawowe metryki statystyczne]//
       * Classes count
       * Properties count
       * Individuals count
       * Maximum depth
       * Average siblings count
       * Maximum siblings count
  - Quality-control/quality-assurance metrics //[Metryki jakości]//
       * Classes with only one subclass
       * Classes with more than 25 subclasses
       * Classes with no definition

===== Przykład użycia =====

Dostęp do metryk jak i ontologii możliwy jest poprzez portal jak i usługę REST (dokładniej opisany [[http://www.bioontology.org/wiki/index.php/Ontology_Metrics#Accessing_metrics_in_BioPortal|tutaj]]).

Przykładowo pod adresem [[http://data.bioontology.org/metrics]] znajduje się zestaw wszystkich metryk dla każdej z dostępnych ontologii. Załóżmy, że interesuje nas ontologia OBIWS (The Bioinformatics Web Services ontology). Jej metryki znajdują się pod adresem: [[http://data.bioontology.org/ontologies/OBIWS/submissions/2/metrics]].

Tą samą ontologię wraz z metrykami znajdziemy na portalu pod adresem [[http://bioportal.bioontology.org/ontologies/OBIWS]].