Przedstawione poniżej narzędzia umożliwiają określenie podobieństwa semantycznego i/lub pokrewieństwa pomiędzy dwoma strukturami takimi jak ontologie (RDF/OWL i inne), grafy etc. Przykładowa wizualizacja takiego podobieństwa została przedstawiona na poniższych obrazkach:

• SimPack - napisany w Java kompleksowy framework zawierający metryki własne oraz pochodzące z zewnętrznych źródeł (SecondString, SimMetrics, Alignment API, Owls-MX)
• Semantic Measures Library - napisana w Java biblioteka wraz z szeregiem dedykowanych narzędzi m.in. do obsługi ontologii genów GO i MeSH. Umożliwia również obsługę ogólnych ontologii i szeregu innych ustrukturyzowanych dokumentów
• Alignment API & Alignment Server - umożliwia „nałożenie” dwóch ontologii na siebie i przez to określenie różnic występujących pomiędzy nimi